Genetické analýzy pro veřejnost na ÚBO AVČR
Ústav biologie obratlovců Akademie věd ČR (ÚBO AVČR; www.ivb.cz ) se zabývá všestranným vědeckým výzkumem. V rámci své činnosti nyní nabízíme využití našich zkušeností a vybavení také širší veřejnosti. Povedlo se Vám při kroužkování ptáků odchytit jedince, kterého neumíte jednoznačně určit nebo si chcete potvrdit výskyt vzácného druhu? Zajímá Vás pohlaví u jedinců druhu, kde se samci a samice na první pohled neliší? Našli jste pero, trus, srst a chtěli byste vědět, komu patřila? Na tyto otázky umí často spolehlivě odpovědět (poměrně jednoduché) analýzy genetické informace (DNA). Přestože máme největší zkušenosti s analýzami u ptáků, je možné stejným způsobem analyzovat i jiné skupiny živočichů (obratlovců).
Služby, které nabízíme:
- molekulární určování pohlaví
- determinace (pod)druhů
- a další složitější genetické analýzy dle domluvy
Jak to probíhá?
Pokud máte sebraný vzorek nebo teprve nápad, co byste rádi zjistili, nejprve nás prosím kontaktujte na níže uvedený mail. Ke každému vzorku přistupujeme individuálně, a tak se společně nejprve dohodneme, jaké jsou možnosti zjistit to, co by Vás zajímalo. Probereme spolu proveditelnost, případný sběr vzorků, jak dlouho to bude trvat a kolik to bude stát. Tato úvodní konzultace je pro každého z Vás samozřejmě zcela zdarma bez ohledu na to, jestli se na spolupráci domluvíme nebo ne. Je možné se sejít i osobně na detašovaném pracovišti ÚBO ve Studenci (okres Třebíč, viz níže).
Jak uchovávat vzorky?
Pro úspěšnou izolaci DNA ze vzorku a následnou genetickou analýzu je vhodné dodržet tyto zásady při sběru vzorků:
- Krev a tkáně: ideálně uchovávat v 96% ethanolu, krátkodobě i v 70% ethanolu. Pozor, denaturovaný líh DNA zničí! Pro některé jednoduché analýzy je možné krev nechat zaschnout na savém papíru a urychleně odeslat ke zpracování.
- Peří: pero vložit do uzamykatelného sáčku nebo do papírové obálky a pokud je nutné jej delší dobu skladovat, doporučujeme jej zamrazit. Hlavně u menších druhů ptáků (pěvci) se pro analýzu DNA hodí hlavně dlouhá pera (rýdovací, letky), ale je možno použít i pera obrysová. Pokud máme možnost, volíme však pera dlouhá – u obrysového opeření je nižší výtěžnost DNA.
- Trus: vzorek trusu odebereme do papírového sáčku nebo obálky a necháme vyschnout. Nepoužíváme plastové sáčky – jednak se v nich může vzorek zapařit a když vyschne, elektrostatický náboj pytlíku dělá problémy při zpracování.
Pro další typy vzorků nás prosím kontaktujte a domluvíme se, jak nejlépe postupovat.
Kontaktní informace
Tereza Kauzálová, Ondřej Kauzál
e-mail: ubogen.infogmail.com
Ústav biologie obratlovců AV ČR
detašované pracoviště Studenec
Studenec 122
675 02 Koněšín
GPS: 49.2248678N, 16.0567139E (odkaz na mapy)
Reference a minulé projekty
- Potvrzení hybridního samce rehka (Phoenicurus ochruros ✕ P. phoenicurus) odchyceného v roce 2020 v Hranicích na Moravě pomocí sekvenace mtDNA a odkaz na článek, který jsme o něm napsali .
- Potvrzení vzácného poddruhu budníčka menšího středosibiřského (Phylloscopus collybita tristis) odchyceného v roce 2020 na „Sedélku“ pomocí sekvenace mtDNA. Odkaz na pozorování v databázi AVIF .
- Určení (pod)druhu podzimního bramborníčka černohlavého (Saxicola rubicola) pomocí sekvenace mtDNA, který vykazoval znaky sibiřských bramborníčků ssp. stejnegeri nebo maurus. Odkaz do galerie zde na webu .
- Molekulární určení pohlaví konipasa bílého (Motacilla alba) během podzimního tahu pro ověření nových znaků pro determinaci pohlaví v terénu. Odkaz na článek zde na webu .
Použitý obrázek šroubovice DNA byl vytvořen pro projekt Twemoji, github.com/twitter/twemoji/ .